Après l’obtention de son brevet d’avocat, Daniel Fässler travaille comme secrétaire de la Commission de gestion économique du Canton d’Appenzell Rhodes-Extérieures et comme avocat à Zurich. A partir de 1994, il devient partenaire d’une étude d’avocats à St-Gall et s’occupe principalement de mandats en droit immobilier.
De 1999 à 2004, Daniel Fässler est juge à temps partiel au Tribunal de district d’Appenzell, puis de 2004 à 2008, au Tribunal cantonal d’Appenzell Rhodes-Intérieures. De 2008 à 2019, il est Landammann de la Commission d’éthique (Conseil d’Etat) du Canton d’Appenzell Rhodes-Intérieures, qu’il préside pendant les périodes 2010-2012, 2013-2015 et 2017-2019. Dans cette fonction, il assume également, en tant que directeur de l’économie publique, la responsabilité de la conduite du Département de l’économie publique.
Lors des élections de 2011 au Parlement, Daniel Fässler est plébiscité au Conseil national, puis de nouveau en 2015. En 2019, il est élu au Conseil des Etats.